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Angewandte Informatik: Neue Bakterienarten im menschlichen Darm entdeckt

Dank neuster Software-Methoden konnte ein Team aus Molekularbiologen und Informatikern zeigen, dass rund die Hälfte der Bakterienspezies im menschlichen Darm zu noch unbekannten Arten gehört.

Wie sie im Fachmagazin Nature Methods berichten, untersuchten Forscher unter der Leitung des European Molecular Biology Laboratory (EMBL) die genetischen Informationen aus rund 250 Stuhlproben. Die Unmengen gefundener Erbgutfragmente wurden digitalisiert, per Computer geordnet und dem Erbgut von rund tausend Arten zugeordnet.

Mit High Performance Computing neue Stammbäume rekonstruieren

„Mit unserer neuen Methode können wir erstmals anhand eines Stammbaums auch bisher unbekannte Arten identifizieren“, sagt Alexandros Stamatakis, Professor für High Performance Computing in den Lebenswissenschaften am KIT und Leiter der Forschungsgruppe „Scientific Computing“ am Heidelberger Institut für Theoretische Studien (HITS).

Sein Forschungsschwerpunkt ist die Entwicklung von Software und Methoden zur molekularen Datenanalyse in der Evolutionsbiologie. In früheren Arbeiten rekonstruierte Stamatakis mit der Hilfe von Höchstleistungsrechnern bereits den bisher größten Stammbaum von Pflanzenarten. Gegenwärtig arbeitet er an der Rekonstruktion von Stammbäumen für Insekten und Vögel. (DOI: 10.1038/nmeth.2693)


20.11.2013